到了太平军占了南京时期,翼王石达开初到南京,也羡慕此庵幽静,即住进妙相庵。1864年湘军攻陷天京后,曾国藩又将此庵作生祠。此后又复为尼庵。雨集妙相庵之俗一直延续到民国年间。
至于这座尼庵的所在,史籍上说“在唱经楼薛家巷后”。由于二百年来街巷的变迁,今天的薛家巷却找不到此庵。而这座古尼庵址现为鼓楼东南角双龙巷18号(的确在薛家巷后)。20世纪50年代迁走菩萨和尼姑,此地做了工厂。原先老尼住的寝房(双龙巷12号)至今尚存,青砖青瓦,小巷深宅,古朴而幽静,令人流连忘返。